Chap. I : Un soir de juillet 1689, dans la baie de Saint-Malo, l’abbé de Kerkabon et sa sœur voient accoster un navire anglais. En débarque un Huron dont l’amabilité les charme tant qu’ils l’invitent à souper au prieuré de la Montagne. D’autres personnages se joignent à eux : l’abbé de Saint-Yves et sa sœur, le bailli et sa femme. La discussion est animée : on interroge le Huron, dit L’Ingénu, sur son passé, sa langue et sa religion. Celui-ci n’est pas insensible au charme de Mlle de Saint-Yves.
Chap. II : Le lendemain, L’Ingénu, au moment de prendre congé de ses hôtes, leur offre deux miniatures où l’abbé et sa sœur reconnaissent les portraits de leur frère et de sa femme, disparus au Canada vingt ans plus tôt : le Huron n’est autre que leur propre neveu. La nouvelle déclenche un enthousiasme général. Le prieur et l’abbé décident de baptiser l’Ingénu lorsqu’ils l’auront instruit. Parallèlement, l’intérêt que se témoignent le Huron et Mlle de Saint-Yves se précise.
Chap. III : Après avoir étudié le Nouveau Testament, l’Ingénu accepte d’être baptisé. Son interprétation naïve des textes saints donne lieu à des situations cocasses, telle la scène où il exige, en échange de sa propre confession, celle du moine à qui il vient de se confesser. Le jour de la cérémonie, au grand désespoir de toute l’assemblée, il reste introuvable. Mlle de Kerkabon et Mlle de Saint-Yves le découvrent enfin, debout au bord de la rivière.
Chap. IV : Par fidélité aux textes, l’Ingénu désire en effet qu’on le baptise dans la rivière. Seule Mlle de Saint-Yves, après les vaines tentatives du prieur, du bailli, de l’évêque, réussit à fléchir son entêtement. Le baptême peut avoir lieu : Mlle de Saint-Yves a la joie d’être la marraine, et l’Ingénu reçoit le nom ridicule d’Hercule. La cérémonie est suivie d’un dîner.
Chap. V : A l’issue de ce dîner, Hercule vit Saint-Yves se déclarent leurs sentiments. Le lendemain matin, le prieur fait part de ses projets à son neveu : qu’il devienne