Issu d'une vieille famille de juifs alsaciens, il naît à Mulhouse le 9 octobre 1859. En 1871, son père, riche industriel, choisit la nationalité française pour lui-même et pour ses enfants mineurs. C'est un enfant délicat, curieux et persévérant, "rêveur incorrigible" ; son enfance très choyée s'écoule sous la protection de six frères et soeurs plus âgés.
Après un court séjour au collège Sainte-Barbe, il entre comme interne au collège Chaptal dont il déteste "le déplorable système scolaire qui l'étouffe". Il passe son baccalauréat en 1876 et retourne à Sainte Barbe préparer l'école Polytechnique. Il y est reçu 182ème après un an de préparation. Il en sort 128ème en 1880, sous-lieutenant. A l'âge de onze ans il avait assisté à l'entrée des Prussiens à Mulhouse et en avait ressenti un tel choc et une telle émotion qu'il avait décidé d'embrasser la carrière d'officier pour manifester son attachement à la France.
En 1880, il choisit l'artillerie et entre à l'école d'application de Fontainebleau. Il en sort en 1882, 32ème sur 97. Affecté à la 1ère division de cavalerie du 31ème régiment, il est promu Lieutenant en 1885. En 1889, adjoint au Directeur de l'Ecole de Pyrotechnie de Bourges, il est promu Capitaine.
Le 18 avril 1890, il épouse Lucie Hadamard, petite fille de polytechnicien. Elle descend d'une famille cultivée et très aisée de Metz, au patriotisme et à la réputation irréprochables. Le 21 avril, le capitaine Dreyfus reçoit confirmation de son admission à l'Ecole Supérieure de guerre.
Sorti avec le numéro 9 et mention Très Bien en 1892, il est désigné pour servir comme stagiaire à l'Etat-major de l'armée.
Le 5 avril 1891 naît son fils Pierre ; le 22 février 1893, naît sa fille Jeanne. Le 13 décembre 1893, meurt son père, Raphaël, architecte de la réussite familiale.
En 1892, Dreyfus est nommé à l'Etat-Major de l'Armée, où il est le seul juif.

Le 13 octobre 1894, un message apporte à son domicile une convocation ordonnant à Alfred Dreyfus de se